Caracterizarea biochimică și funcțională a factorului de îmbinare și transcripție PRPF40B - PDF

Programul oficial de doctorat în biomedicină al Universității din Granada Caracterizarea biochimică și funcțională a factorului de transcripție și îmbinare PRPF40B Soraya Becerra Ortiz López-Neyra Granada Institutul de Parazitologie și Biomedicină, 2015

factorului

Editor: Universitatea din Granada. Teză de doctorat Autor: Soraya Becerra Ortiz ISBN: 978-84-9125-072-2 URI: http://hdl.handle.net/10481/40006

Doctorandul SORAYA BECERRA ORTIZ și directorul tezei CARLES Mª SUÑÉ NEGRE intitulată CARACTERIZAREA BIOCHIMICĂ ȘI FUNCȚIONALĂ A FACTORULUI DE TRANSCRIPȚIE ȘI ÎMPLICARE PRPF40B: Garantăm, prin semnarea acestei teze de doctorat, că lucrarea a fost efectuată de doctorand în temeiul direcția directorului tezei și în măsura în care cunoștințele noastre ajung, în realizarea lucrării, au fost respectate drepturile altor autori de a fi citați, atunci când au fost utilizate rezultatele sau publicațiile acestora. Granada, 28 ianuarie 2015 Director al tezei de doctorat Semnat: Dr. Carles Mª Suñé Negre Semnat: Soraya Becerra Ortiz

teste funcționale, arătăm că PRPF40B este, de asemenea, capabil să activeze transcrierea. De asemenea, am arătat că mutațiile asociate cu sindromul mielodisplazic scad drastic capacitatea de activare transcripțională a PRPF40B.

I. ABREVIERI 1 II. INTRODUCERE 7 1. EXPRIMAREA GENICĂ. TRANSCRIPȚIE 9 1.1 ARN polimerază 9 1.2 RNAPII CTD 9 1.3 Etape ale transcripției 10 1.3.1 Inițiere 10 1.3.2 Alungire 10 1.3.2. Încheiere 11 1.4 Reglarea transcrierii 12 2. PROCESAREA ARNm 14 2.1 Spliceozomul 14 2.2 Definiția exonului 16 2.3 Splicing alternativ 17 2.4 Tipuri de splicing alternativ 18 3. REGULAREA SPLICING 19 3.1. Elemente de reglementare CIS 19 3.2. Elemente de reglementare în trans 19 3.3 Mecanisme de reglare a îmbinării 22 4. COUPLAREA ȘI ÎMPLINIREA TRANSCRIPȚIEI 25 4.1 Modelul cinetic 25 4.2 Modelul de recrutare 28 4.2.1 Factorii de cuplare a transcripției și îmbinării 29 4.2.2 Proteine ​​cu domenii WW și FF 31 5. NUCLEUL DE CELULA EUCHARIANĂ 38 5.1 Pete nucleare 39 5.1.1 Funcția petei nucleare 40 5.1.2 Compoziția petei nucleare 41 5.1.3 Domenii de semnalizare către pete nucleare 42 6. APOPTOSIS 44 6.1 Calea extrinsecă 45

6.2 Calea intrinsecă 45 6.3 Caspaze 46 7. APOPTOZA ȘI SPLICAREA 48 7.1 Reglarea FAS 49 8. SPLICAREA ALTERNATIVĂ ȘI BOLI 51 8.1 Tipuri de alterări ale splicingului 51 8.2 Splicingul alternativ și sistemul nervos 52 8.3 Splicingul alternativ în cancer 54 III. OBIECTIVE 57 IV. MATERIALE ȘI METODE 61 1. PLASMIDE 63 2. CULTURI CELULARE ȘI TRANSFECȚII 65 2.1 Culturi celulare 65 2.2 Transfecții 66 2.3 Infecția culturilor celulare 67 3. PROCEDURI DE BIOLOGIE MOLECULARĂ 68 3.1 Imunofluorescență 68 3.2 Extracția ARN și RT-PCR 69 3.3 Extracția ARN-ului total pentru analiza matrice 71 3.4 Mutageneza direcționată a PRPF40B 72 3.5 Testele de activitate a luciferazei 72 3.6 Testele de interacțiune proteină in vivo 73 3.7 Testele de interacțiune in vitro proteină-proteină 74 4. PROCEDURI DE BIOLOGIE CELULARĂ 74 4.1 Testele morții celulare și ale ciclului celular 75 4.2 Annexin Analiza legării V 75 4.3 Măsurarea activității caspazei-3 75 4.4 Analiza expresiei receptorului de membrană Fas/CD95 76

2. Caracterizarea elementelor structurale necesare pentru localizarea PRPF40B 154 3. PRPF40B interacționează cu componentele spliceozomului SF1 și U2AF 65 156 4. PRPF40B modulează splicing alternativ 157 5. PRPF40B participă la procesul de apoptoză 159 6. PRPF40B se exprimă diferențial în țesutul nervos și funcțiile ca activator al transcrierii 159 7. Implicarea PRPF40B în AML 162 8. Asemănări și diferențe între PRPF40A și PRPF40B 164 9. PRPF40B ca cuplaj al proceselor de transcripție și îmbinare 165 VIII. BIBLIOGRAFIE 169