PDF Dinamica evolutivă a virusurilor ARN - Descărcare gratuită PDF

scurta descriere

1 Dinamica evolutivă a virusului ARN Samuel Ojosnegros Martos 14 noiembrie 2008 TEZĂ DE DOCTORAT Universidad Aut & o.

virusurilor

Descriere

Dinamica evolutivă a virusurilor ARN Samuel Ojosnegros Martos 14 noiembrie 2008

TEZĂ DE DOCTORAT Universidad Aut´ onoma de Madrid Facultatea de Științe Departamentul de Biologie Moleculară

Raport prezentat de Samuel Ojosnegros Martos, absolvent de biologie, pentru a aplica pentru doctorat la Universitatea Autonomă din Madrid. Madrid, noiembrie 2008.

Lucrarea prezentată în această teză de doctorat a fost realizată la Centrul de biologie moleculară „Severo Ochoa”, sub îndrumarea dr. Esteban Domingo Solans și finanțată printr-o bursă predoctorală pentru formarea personalului universitar (FPU) din Ministerul Educației. și Știință.

La Sergio Părinților mei

Va multumesc tuturor. ARNazele nu există, știință totală. stiinta totala.

SBF: Ser bovin fetal SDD: Selecție dependentă de densitate SPC: Ser policlonal SIDA: Sindrom de imunodeficiență dobândită ST: Genom standard 5 'UTR și 3' UTR: Regiuni netranslate din capetele 5 'și 3', respectiv VFA: Foot- virusul febrei aftoase VHC: virusul hepatitei C HIV-1: virusul imunodeficienței umane tip 1 VSV: virusul stomatitei veziculare ∆: Ștergere

ACM: Anticorp monoclonal AZC: 5-azacididină (AZC) BHK-21: celule renale de hamster (rinichi de hamster bebeluș) cADN: copie ADN d: DEAE la distanță medie: dietil aminoetil Df: grade de libertate, grade de libertate DIs: interferență defectă particule DMEM: Dulbecco's Modified Eagle's Minimum Medium ADN: Acid dezoxiribonucleic dNTP: 2'-deoxinucleozid-5'-trifosfat ecp: Efect citopatic EDTA: Etil în diametretracetat FA: boala febrei aftoase FU: 5-Fluorouracil G: Guanidinium H: H hpe: Ore post-electroporare IRES: Sit de intrare a ribozomului intern Kb, Pb: Kilobaze, perechi de baze LCMV: Virusul choriomeningitei limfocitice la șoarece M: MDI molar: Multiplicitatea infecției MP: Maxim parsimonie VM: Probabilitate maximă NJ: vecinătatea nt: nucleotidă PAQ: Analiza partiției cvasispeciilor PBS: soluție salină tamponată cu fosfat PCR: reacție în lanț a polimerazei PFU: unități formatoare de D Placă e PoliA: Poliadenilat PoliC: Polirocitidilat PV: Poliovirus R: Ribavirin ´ ARN: acid ribonucleic RpRd: ARN polimerază RT dependentă de ARN: transcriptază inversă RT-PCR: Reacție de transcripție inversă urmată de amplificare prin reacție în lanțul polimerazei SARS: Respiratorie acută severă sindrom

Cod aminoacizi A (Ala) Alanină I (Ile) Isoleucină R (Arg) Arginină C (Cys) Cisteină K (Lys) Lizină S (Ser) Serină D (Asp) Aspartic L (Leu) Leucina T (Thr) Treonină E (Glu) Glutamic M (Met) Metionină V (Val) Valină F (Phe) Fenilalanină N (Asn) Asparagină W (Trp) Trypt´ ofano G (Gly) Glicină P (Pro) Proline Y (Tyr) Tirozină H (His ) Histidina Q (Gln) Glutamina

Index 1. Rezumat (rezumat în engleză)

15 15 15 15 17 17 18 19 19 21 22 23 24 25 25 25 26 28

4. Materiale și metode 4.1. Cultura celulelor eucariote. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.2. Variante ale VFA utilizate. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.3. Infecții . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.3.1. Infecții în mediu lichid al monostratelor celulare. . . . . . . . . . . . . 4.3.2. Placarea virușilor pe mediu agar semisolid în celulele BHK-21. . . . . . 4.3.3. Corecția titrului în placarea populațiilor de defecte care infectează prin completarea a două tipuri de particule . . . . . . . . . . .

28 30 30 30 30 31 31 31 32 33 33 34 37

40 40 40 41 41 42

43 43 43 43 44 44 44 44 45 45 45 45 45 45 46 46 46 46 49 49 50 51 51 51 52 52 52 52 54 54 56 56 56 57 57 57 57 58 58 59 59

112 112 113 113 114 114

. 114. 115. 115. 116. 116. 117. 117. 118. 118 . . . . . . .

119 120 121 121 121 122 123 123

8. Apendicele filogenetic

9. Apendice matematice: model de bază al dinamicii virale în 9.1. Concurența a doi viruși în cultura celulară. . . . . . . . . 9.2. Dinamica in silico versus dinamica in vitro. . . . . . . . . . . 9.2.1. Condiții inițiale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9.2.2. Determinarea cantității de virus. . . . . . . . . 9.2.3. Modelează predicțiile și rezultatele experimentale. 9.3. Parametrii modelului. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9.4. Analiza matematică. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9.4.1. Legea conservării. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9.4.2. Spațiul parametrilor . . . . . . . . . . . . . . . . . .