Analiza genealogică a oilor Moș Crăciun și efectele consangvinizării asupra trăsăturilor de
Note de cercetare
Analiza genealogică a oilor lui Moș Crăciun și efectele consangvinizării asupra trăsăturilor de performanță
Ana CarlaВ Borges Barbosa aВ
Gabrieli deВ Souza Romano aВ
Jonatan Mikhail DelВ Solar Velarde aВ
VГctorВ Breno Pedrosa cВ
LuГs FernandoВ Batista Pinto aВ * В
o Universitate Federală din Bahia, Școala de Medicină Veterinară și Zootehnică, Av. Adhemar de Barros, 500, Ondina, Salvador - BA, 40170-110. Brazilia.
b Universitatea din São Paulo. Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos. Brazilia.
c Universitatea de Stat din Ponta Grossa. Departamentul zootehnic. Av. Brazilia.
Cuvinte cheieВ Strămoși; Mărimea populației; Relaţie; Variabilitate
Cuvinte cheieВ Strămoși; Mărimea efectivă a populației; Relație; Variabilitate
Set de date
Setul de date finale a inclus 11 564 de animale din pedigree, născute între 2003 și 2011, care sunt întreținute de Asociația de stat Sergipe a crescătorilor de capre și ovine (Asociația Sergipana a crescătorilor de capre și ovine - ASCCO). Trăsăturile înregistrate au fost: greutatea la naștere (PC1) și la vârsta de 60 (PC60), 180 (PC180) și 270 (PC270). Creșterile zilnice în greutate au fost calculate de la naștere la 60 de zile (PIB1), de la 60 la 180 (PIB2) și de la 60 la 270 (PIB3) zile de vârstă.
y este vectorul valorilor fenotipice;
b este vectorul efectelor fixe ale grupului contemporan și vârsta reproducătorului covariabil și vârsta animalului;
X este matricea de incidență care leagă observațiile din y cu efectele fixe din b;
a este vectorul cu efect aleatoriu aditiv direct;
Z este matricea de incidență care leagă observațiile din y de efectele aleatorii aditive directe din a;
m este vectorul efectului aleatoriu aditiv matern;
M este matricea care leagă observațiile din y cu efectul aditiv matern în m;
Componenta maternă Mm a fost ajustată numai pentru trăsăturile PC1, PC60 și GDP1. Setul de date utilizat în acest studiu a avut un număr redus de viței pe oaie. Prin urmare, efectul matern permanent și efectul asupra mediului al așternutului au fost testate, dar au prezentat probleme precum neconvergența sau estimări inconsistente ale parametrilor. Prin urmare, s-a ales să nu se includă aceste efecte în modelul final. Mai mult, setul de date a arătat un număr redus de crescători consangvinizați și, prin urmare, acest efect nu a fost inclus în model.
Ipotezele modelelor pentru analiză ar putea fi pur și simplu reprezentate după cum urmează:
Grupul contemporan (CG) a fost format din animale din aceeași fermă (45 de niveluri), sex (bărbat sau femeie), tip de naștere (singur sau gemeni), an (2003-2011) și sezon de naștere (uscat sau ploios). Grupurile contemporane cu mai puțin de trei animale au fost eliminate din analiză. Tabelul 1 arată numărul de CG-uri pe trăsătură și statistici descriptive pentru toate trăsăturile.
Tabelul 1: „Dimensiunea eșantionului (N), numărul grupurilor contemporane (CG), deviația medie și standard (SD) a trăsăturilor”
| Greutate la nastere | 10232 | 291 | 3,63 | 0,80 |
| Greutate la 60 de zile (înțărcare) | 6277 | 319 | 15,94 | 5,77 |
| Greutate la 180 de zile | 4541 | 403 | 31.9 | 11.16 |
| Greutate la 270 de zile | 3328 | 374 | 39.7 | 14.5 |
| Creșterea zilnică în greutate de la naștere până la 60 de zile | 5786 | 319 | 171,73 | 64,87 |
| Creșterea zilnică în greutate de la 60 la 180 de zile | 3229 | 403 | 149,43 | 67,84 |
| Creșterea zilnică în greutate de la 60 la 270 de zile | 1863 | 374 | 69,17 | 26,83 |
| Crescătorii | 4742 | ---- | ---- | ---- |
| Armăsari | 391 | ---- | ---- | ---- |
1 Greutatea și creșterea în greutate au fost măsurate în kilograme.
Modelul mixt a fost utilizat pentru a testa efectul consangvinizării asupra valorilor fenotipice:
și i j este valoarea fenotipică a trăsăturii;
Ој este media globală;
C G i este efectul fix al grupului contemporan;
О ± i j I este efectul fix al nivelului coeficientului de consangvinizare covariabilă;
ОІ i j D este efectul fix al vârstei crescătorilor covariați;
Оґ i j A este efectul fix al vârstei animalului covariabil;
Оі i j G este efectul aleatoriu al valorii descendenților covariați;
și i j este valoarea trăsăturii de puiet;
Ој este media globală;
О ± i j I este efectul fix al nivelului coeficientului de consangvinizare covariabilă;
Procedura mixtă software SAS 17 a fost utilizată pentru a estima coeficienții de regresie a consangvinizării pentru toate trăsăturile. Nivelul de semnificație pentru a declara efectul consangvinizării a fost de 5%.
Integritatea pedigree-ului
Figura 1В Pedigree și nivelul de identificare al strămoșilor până la a treia generațieВ
Figura 2: „Consangvierea medie (F), dimensiunea efectivă a populației (Ne) și valorile medii ale consangvinizării pentru DWG3 după anul nașterii”