S-a născut primul instrument de urmărire a genomului coronavirusului în Spania

NextSpain vă permite să urmăriți evoluția soiurilor de virus din Spania. Spitalele și centrele de cercetare colaborează pentru a urmări urmele agentului patogen care a ajuns la noi „prin mai multe căi diferite”.

genomului

Publicat 31.03.2020 20:57 Actualizat

Specialiștii în genetică din întreaga lume lucrează neobosit pentru a urmări urmele coronavirusului SARS-CoV-2 pe măsură ce se răspândește în întreaga lume. Sarcina lor este de a preleva probe de la pacienți și de a analiza genomul virusului în fiecare locație., pentru a vedea cum s-a mutat. Acest uriaș copac filogenetic este încărcat în baza de date GISAID, iar informațiile sunt împărtășite în mod deschis tuturor oamenilor de știință din întreaga lume prin intermediul platformei Nextstrain, un instrument de vizualizare care dezvăluie unele dintre cele mai interesante aspecte ale progresului pandemiei. În Spania există mai multe grupuri care lucrează la această analiză. Una dintre ele este cea a profesorului de genetică Fernando González-Candelas care, printr-o unitate comună de cercetare între FISABIO și Universitatea din Valencia, a contribuit la această platformă primele date preluate din cazurile spaniole. Acum el și echipa sa tocmai au creat NextSpain (NextSpain.uv.es), primul instrument care permite partajarea și vizualizarea doar a datelor colectate în Spania, care se află în prezent în teste.

„Dezvoltăm o platformă care este un fel de Nextstrain din Spania”Explică González-Candelas lui Vozpópuli. "Și acolo ceea ce expunem sunt izolatele încorporate în Nextstrain din țara noastră, dedicate celor care sunt interesați să urmărească ce se întâmplă aici." Până în prezent, echipa sa a analizat genomul a 40 de probe de virus la pacienții spanioli (18 dintre ei din Madrid, 9 din Comunitatea Valencia și restul din alte șase comunități autonome), dar genomurile analizate de alte echipe vor fi încorporate în curând. Dinamica de lucru constă în faptul că centrele de microbiologie care efectuează teste de diagnostic le trimit o parte din materialul genetic care a rămas din aceste teste și împreună cu ei echipa analizează ARN-ul fiecărei variante a virusului. „Folosim acest ARN pentru al introduce într-o altă procedură de biologie moleculară care, după câteva ore sau o zi, ajunge să ne dea secvența genomului complet al virusului. Apoi îl încărcăm pe GISAID, de unde Nextstrain extrage datele ”, explică el.

În acest moment, patruzeci de mostre „sunt puține”, recunoaște cercetătorul, dar scopul său este de a avea mii în câteva săptămâni, astfel încât să se poată înțelege mai bine ce evoluție a avut virusul în țara noastră și care sunt căile de intrare și contagiune. În comparație cu alte țări, suntem încă departe de cele 474 de eșantioane din Statele Unite, urmate de 422 din Regatul Unit și Islanda, care are 301 (cea mai mare în proporție). „Avem deja un proiect solicitat care a început să primească finanțare de la CSIC”, spune González-Candelas. „Avem și 40 de spitale, un centru de cercetare și există interes pentru multe instituții”.

Munca in colaborare

Echipa lui González-Candelas nu este singură în acest screening genetic al coronavirusului. În această marți, echipa lui María Iglesias, al Laboratorului de virusuri respiratorii al Centrului Național de Microbiologie (CNM) al Institutului de Sănătate Carlos III (ISCIII), a prezentat analiza genomului complet al virusului din câteva zeci de probe respiratorii de la pacienți din diferite zone geografice ale Spaniei. „Am publicat 14, mâine vom adăuga încă opt și încă 24 vor ieși”, Îi explică Iglesias lui Vozpópuli. Acestea sunt diferite mostre care vor fi adăugate pe harta NextSpain prin GISAID, unde sunt încărcate toate analizele. Ceea ce este promițător în acest caz este că ISCIII, fiind un centru de referință, are capacitatea de a accesa mii de eșantioane. Echipa lui Iglesias speră să încorporeze între 24 și 48 de analize ale genomului virusului în fiecare săptămână în viitorul apropiat..

„Închiderea frontierelor nu a fost de nici un folos în prevenirea răspândirii pandemiei”