Microbiomul uman Harrison

Declinare de responsabilitate: Aceste citări au fost generate automat pe baza informațiilor pe care le primim și este posibil să nu fie 100% exacte. Consultați manualul oficial de stil dacă aveți întrebări cu privire la precizia formatării.

uman

Descărcați fișierul de citare:

Conținutul capitolului
  • INTRODUCERE
  • INSTRUMENTE PENTRU ANALIZA METAGENOMICĂ A COMUNITĂȚILOR MICROBE UMANE
  • PRINCIPII ȘI PARAMETRI ECOLOGICI PENTRU COMPARAREA COMUNITĂȚILOR MICROBIENE
  • STABILIREA RELAȚIILOR DE CAUZĂ ÎNTRE MICROBIOTA INTESTINALĂ ȘI FENOTIPURILE NORMALE FIZIOLOGICE, METABOLICE ȘI IMUNOLOGICE, CA ȘI CU STĂRILE DE BOLĂ
  • PROGRES
  • ABSTRACT
  • Capitolul complet
  • Cifre
  • Imagine
  • Videoclipuri
  • Resurse aditionale

INTRODUCERE

Tehnologiile care ne-au permis să descifrăm genomul uman ne-au revoluționat capacitatea de a defini compoziția și funcțiile comunităților microbiene care colonizează corpul nostru și alcătuiesc microbiota noastră.. Fiecare habitat al corpului, inclusiv pielea, nasul, gura, căile respiratorii, tractul digestiv și vaginul, găzduiește o comunitate distinctă de microbi. Eforturi de a înțelege microbiota noastră și colecția sa de gene microbiene (microbiomul nostru) ne schimbă viziunea asupra „sinelui” și ne adâncesc înțelegerea multor caracteristici fiziologice, metabolice și imune normale și a variațiilor lor interpersonale și intrapersonale. În plus, acest domeniu de cercetare începe să ofere o nouă perspectivă asupra bolilor deja cunoscute că au „contribuabili” microbieni și sugerează noi strategii de tratament și prevenire. Termenii cheie utilizați în analiza microbiomului uman sunt definiți în Tabelul 86e-1.

Glosar de termeni folosiți în discutarea microbiomului uman

Glosar de termeni utilizați în discutarea microbiomului uman

Analiza independentă a culturilor

Un tip de analiză în care cultivarea microbilor nu este necesară, dar informațiile sunt extrase direct din probe de mediu

Diversitate (alfa și beta)

Diversitate alfa măsoară numărul efectiv de specii (tipuri de organisme) la nivelul habitatelor, siturilor sau probelor individuale. Diversitate beta măsoară diferențele în numărul de tipuri de organisme între habitate, situri sau eșantioane

Domeniile vieții

Cele trei regate principale ale vieții pe Pământ: Eucarya (inclusiv oamenii), bacteriile și Archaea

Orice afecțiune dăunătoare apărută dintr-o aberație structurală sau funcțională, sau ambele, într-una sau mai multe dintre comunitățile microbiene ale organismelor gazdă

Creșterea animalelor în condiții sterile (fără germeni). Aceste animale pot fi ulterior colonizate în diferite etape ale ciclului de viață cu colecții definite de microbi.

Entitatea biologică formată dintr-o gazdă și din toți simbionții săi interni și externi, repertoriile genetice și funcțiile sale

În ecologie, biom se referă la habitat și la organismele din acesta. În acest sens, microbiomul Omul ar fi definit ca fiind colecția de microorganisme asociate corpului uman. Cu toate acestea, termenul de microbiom este, de asemenea, folosit pentru a se referi la colectivul de genomi și gene prezente la membrii unei microbiote date (a se vedea „Microbiota” de mai jos) și metagenom Omul este suma genomului uman și a genelor microbiene (microbiom). Un microbiom uman central este definit ca tot ceea ce este împărțit într-un anumit habitat al corpului între toți sau marea majoritate a microbiomilor umani. Un microbiom de bază poate include un set comun de genomi și gene care codifică diferite familii de proteine ​​sau capacități metabolice sau ambele. Genele microbiene care sunt reprezentate variabil la diferiți oameni pot contribui la fenotipuri caracteristice fiziologice sau metabolice

Un domeniu emergent care cuprinde studii independente de culturi ale structurilor și funcțiilor comunităților microbiene, precum și interacțiunilor acestor comunități cu habitatele pe care le ocupă. Metagenomica include 1) secvențierea pistolului ADN-ului microbian izolat direct dintr-un mediu dat și 2) screening-ul de mare viteză al bibliotecilor de expresie construite din ADN din comunități clonate pentru a identifica funcții specifice, cum ar fi rezistența la antibiotice (metagenomică funcțională)). Analiza la nivelul ADN oferă baza pentru profilarea ARNm și proteinelor produse de un microbiom (metatranscriptomică și metaproteomică) și pentru identificarea unei rețele metabolice comunitare (metametabolomică)

Urmărirea sursei microbiene

O colecție de metode pentru evaluarea mediilor de acasă pentru microbi. O metodă, SourceTracker, folosește o abordare bayesiană pentru a identifica fiecare origine a unui taxon bacterian și estimează proporția fiecărei comunități formată din bacterii care provin din medii diferite.

O comunitate microbiană - inclusiv bacterii, Archea, Eukarya și viruși - care ocupă un habitat dat