Glucopatternul seric și glicoproteinele care leagă lectina-II de maackia amurensis în

care

  • Subiecte
  • rezumat
  • Introducere
  • Rezultate
  • Alterarea glicopatternului în ser datorită ASD versus TD
  • Identificare MBG
  • Analiza ontologiei genice a MBG-urilor
  • Analiza rețelei KEGG Pathway și Protein Interaction
  • Preferința motivului secvenței MBG
  • Exprimarea și sialoglicozilarea MBG în probe individuale de ser
  • Discuţie
  • Materiale și metode
  • Aprobarea studiului
  • Subiecte
  • Colectarea și pregătirea probelor
  • Lectin Microarray și analiza datelor
  • Microarray seric și analiza datelor
  • Izolarea și digestia MBG-urilor
  • Analiza LC-MS/MS
  • Cuantificare relativă fără etichete prin calculul indicelui spectral
  • Exploatarea datelor și Bioinformatica
  • Lectină/Glyco-Anticorp Microarrays și analiza datelor
  • informatii suplimentare
  • Informatie suplimentara
  • Fișiere PDF
  • Informatie suplimentara
  • Fișiere Excel
  • Tabelele suplimentare
  • Comentarii

Subiecte

  • Tulburări ale spectrului autist
  • Biomarkeri
  • Glucomică

rezumat

Instrumentele proteomice permit un mod de examinare automată, la scară largă, bazat pe tehnologie, care oferă posibilitatea de a determina întregul proteom într-un anumit fluid corporal, fără presupuneri prealabile despre moleculele candidate 12. Pe baza acestui fapt, un total de cinci componente peptidice corespunzătoare a patru proteine ​​cunoscute [Apolipoproteina (apo) B-100, Proteina factorului de complement H (FHR1), Complementul C1q și Fibronectina 1 (FN1)] s-au dovedit a fi mai mari pentru autism comparativ cu controalele 13. Trei potențiale vârfuri de biomarkeri au prezentat rapoarte m/z de aproximativ 4,40, 5,15 și 10,38 kDa diferențiat semnificativ eșantionul ASD de grupul de control atunci când au analizat proteine ​​întregi și non-peptide după digestia triptică .

Imagine la dimensiune completă

Rezultate

Alterarea glicopatternului în ser datorită ASD versus TD

Proiectarea microarray-ului de lectină și glicopatternurile rezultate ale glicoproteinelor serice definite de microarrays pentru grupurile ASD și TD sunt prezentate în Fig. 2A, B. Datele originale au fost importate în EXPANDER 6.0 pentru analiza ierarhică a clusterelor (Fig. 2 C) . Intensitățile fluorescente normalizate (NFI) și specificitățile legate de zahăr pentru fiecare dintre cele 37 de lectine din cele două grupuri sunt rezumate în Tabelul S1. Ca rezultat al analizei diferențiale, cinci lectine au arătat diferențe semnificative între grupurile ASD și TD. MAL-II (Siaα2-3 Gal/GalNAc) și MAL-I (Siaα2-3Galβ-1, 4GlcNAc și Galβ-1, 4GlcNAc) au arătat cele mai semnificative creșteri ale NFI (schimbare de ori = 3,33 și 2,20, p

( LA ) Proiectarea microarray-ului de lectină. ( ) Imagini ale proteinelor serice marcate cu TD și ASD Cy3 legate de microarraysuri de lectină. Imaginile fluorescente au fost scanate cu un tub fotomultiplicator de 70% și setări de putere 100% laser pe un scaner confocal Genepix 40 00B. O porțiune a diapozitivului este prezentată cu trei tablouri de lectină replicate. Lectinele au prezentat diferențe semnificative, marcate cu rame albe. ( C ) Analiza ierarhică a clusterelor NFI pentru cele 37 de lectine TD-1

5. Probele sunt listate în coloane, iar lectinele sunt listate pe rânduri. Culoarea și intensitatea fiecărui pătrat indică niveluri de expresie în raport cu celelalte date din rând. Roșu, înalt; privește jos; negru, mediu. Cadrul galben și albastru a marcat intensitatea de legare a lectinei mai mare și mai mică în serurile ASD versus TD. ( D ) Analiza diferențială a IFN pentru cinci lectine TD-1

( A, B ) Identificarea peptidelor și glicoproteinelor corespunzătoare ale acestora în serurile TD și ASD prin LC-MS/MS. ( C ) Proporția de N-glicoproteine ​​(NY) și O-glicoproteine ​​(OY) cunoscute din baza de date UniProtKB/Swiss-Prot și glicoproteinele prezise cu site-uri potențiale de N-glicozilare (NP) și potențiale situri de O-glicozilare (OP)) ( D ) Analiza căii KEGG a GBM identificată (marcată cu o stea roșie) în complement și cascade de coagulare 60. Săgeată roșie, reglare ascendentă a MBG; săgeată verde, reglare scăzută a GBM în ASD. Analiza rețelei de interacțiune proteică a GBM-urilor identificate (sferă roșie) care au fost reglate în sus (săgeată roșie) sau reglate în jos (săgeată albastră) în reglare ascendentă ( ȘI ) și reglarea negativă ( F ) a proceselor de răspuns la stimul în serurile ASD. ( G ) Posibile motive de N-glicozilare și O-glicozilare în jurul resturilor de asparagină și serină pentru domeniul glicopeptidului sialilat legat de α2-3. WebLogo a generat grafice de frecvență relativă ale motivului secvenței semnificative. Înălțimile reziduurilor sunt aproximativ proporționale cu probabilitățile lor binomiale.

Imagine la dimensiune completă

Analiza ontologiei genice a MBG-urilor

Analiza rețelei KEGG Pathway și Protein Interaction

În total, 184 din 243 MBG-uri identificate au fost adnotate în DAVID Bioinformatics Resources (versiunea 6.7). Aceste GBM au fost mapate în 6 căi KEGG cu praguri de numărare ≥5 și o valoare P 30 (Figura suplimentară S1). Au fost comparate frecvențele de aminoacizi specifice poziției reziduurilor de asparagină din jur (13 aminoacizi în ambii termeni) și motivul [AVH] [KR] xNxxNxSxxxY (unde „x” indică orice reziduu, [AVH] și [KR] reprezintă Au fost identificate mai multe reziduuri de aminoacizi care ar putea apărea în poziție, iar vineta indică un posibil glicozit) ca un posibil motiv de N-glicozilare în jurul asparaginei (Fig. 3G). Interesant este faptul că motivele xxxxxxQSDxxYK și xxxxxxHGSxSGx au fost supra-reprezentate în mod semnificativ (creștere ori = 81,62 și 67,07) în datele MBG (Fig. 3G), care ar putea reprezenta motive de glicozilare O legate în jurul reziduurilor de serină pentru domeniul glicopeptidului sialilat atașat la α2-3. Cu toate acestea, pentru a confirma în continuare O-glucozite în MBG, aveți în continuare nevoie de studii mult mai detaliate.

Exprimarea și sialoglicozilarea MBG în probe individuale de ser

Western blot a fost efectuat pentru a verifica expresia C8B, serotransferrina (TF), C1QA și APOD în probe individuale de ser. Ca rezultat, expresia C8B și TF a crescut și expresia C1Q a scăzut în patru probe ASD testate comparativ cu patru probe TD, care au fost în concordanță cu rezultatele MS (Fig. 4A). Cu toate acestea, expresia APOD nu a fost semnificativ diferită între eșantioanele TD și ASD (Fig. 4A). LGAM-urile au fost concepute pentru a detecta sialoglicozilarea legată de α2-3 a C8B, TF, C1QA și APOD în 15 probe individuale de ser TD și 15 ASD (Fig. 4B). Ca rezultat, nu s-au detectat diferențe semnificative pentru sialoglicozilarea C8B, TF și C1QA între două grupuri. Totuși, siolocosilarea APOD α2-3 a crescut semnificativ în probele ASD față de probele TD (p = 0,004) (Fig. 4C). Analiza curbei ROC a arătat că nivelurile serice de APOD sialoglicozilat α2-3 au dus la o ASC de 0,88, cu o specificitate de 86,7% și o sensibilitate de 80,6% pentru a diferenția ASD de TD) (Fig. 4D).